洁净度等级对空调系统方案及投资均影响很大，所以在满足工艺生产要求的前提下，一般采用低洁净度级别的空调系统，而且在洁净室内，不同洁净级别的空调系统应分别设置；层流洁净室与乱流洁净室，高空气净化级别与低空气净化级别及使用时间不同的净化空调系统应分开设置，以降低初投资及运行费用。
洁净室内的温湿度及新风量确定
洁净室的计算温湿度，首先要满足工艺使用要求，如无特殊要求，一般温度控制在18～26℃，湿度控制在40%～60%。
洁净室新风量应取下列3项计算中的最大值：
1. 乱流洁净室总送风量的10%～30%；层流洁净室总送风量的2%～4%；
2. 补偿室内排风和保持正压所需要的新风量；
3. 保证室内每人的新风量不少于40m3/h。
洁净室必须保持一定的正压值，以保证不受外界环境污染，它是通过使净化系统的送风量大于回风量和排风量之和的方法来达到的，其送风量的大小受围护结构密封性能的影响，不同等级的洁净室之间以及洁净区与非洁净区之间的静压差不应小于5Pa，与室外的静压差不应小于10Pa；《空气洁净技术措施》中推荐维持此正压一般所需风量为2～6次/h换气次数。
为达到洁净室的正压值，除送、回风干管及新风管上设风量调节阀外，还应设正压控制装置，如回风口装空气阻尼层、余压阀，压差式电动风量调节器等。为保证洁净室正压值，送、回、排风机一定要联锁，其程序为启动时先开送风机，再开回风机和排风机；关闭时相反。
对洁净度要求高的洁净室，为维持室内正压，防止空气倒灌，设计时应在排风管上设置止回阀或设置值班风机。
洁净室正压的控制
气流组织的确定
洁净室气流组织与一般空调房间不同，它对洁净度的影响十分大，所以要从生产工艺对洁净度的要求出发，本着节约原则配合建筑的特点来确定，当工艺要求洁净度为100级时，选用层流流型；当洁净度为1000～100000级时，选用乱流流型。
同时应尽量减少涡流，避免将工作区以外的污染物带入工作区；尽量防止灰尘的二次飞扬，以减少灰尘对工作区的污染机会；工作区的气流要尽量均匀，风速必须满足工艺和卫生要求，当气流向回风口流动时，要使空气中的灰尘能被有效地带走；为防止灰尘的二次飞扬，气流速度不能过大，乱流洁净室的回风口不应设在工作区的上部。
消声减振
由于洁净室一般为精密工作间，对噪声要求较高，而净化空调系统的风压较高，可能产生的噪声及振动较大，因此应采取有效的消声减振措施，同时所设置的消声器要注意其产尘及积尘问题，防止振动噪声从风管及水管传递。
另外，洁净室空调系统在运行过程中应经常检查温湿度、正压值及初、中、高效过滤器，以防止达不到洁净室的要求，同时要定期吸尘清扫等，还要严格进行人、物的净化。
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